Segundo o site Roteiro de Turismo, uma das mais conhecidas em todo o município é a Ilha Anchieta, um dos principais atrativos da região, protegido pela criação do Parque Estadual da Ilha Anchieta, que reúne a rica fauna da Mata Atlântica e diversas aves e animais. Com 828 hectares, é a segunda maior ilha do litoral paulista e tem nela um pouco da história brasileira, já que possui inclusive um presídio desativado, que no passado fora utilizado para manter presos políticos.
Existe uma ilha bem parecida com a Anchieta, chamada de Ilha do Mar Virado. Pesquisadores da USP descobriram que na pré-história ela era habitada por pescadores, os quais enriqueceram ainda mais a sua cultura. Abriga marinha rica, corais cérebros, arraias, golfinhos e diversos peixes de pequeno e médio porte. Para chegar ali de lancha, por exemplo, levam-se aproximadamente 45 minutos.
Para completar a mesma região, existe ainda a Ilhota do Sul, que também faz parte do Parque da Ilha Anchieta, onde fica proibido qualquer tipo de caça ou pesca e onde o mergulho noturno para profissionais é extremamente agradável. Uma das ilhas extensas é a das Couves, com 64,5 hectares e cobertura vegetal onde se destaca a de restinga, o campo de samambaias e graminoso. Ali não há área de cultivo, e o tipo de Costa predominam areia e rocha.
Quando o assunto é a prática do mergulho em Ubatuba, a Ilha Rapada é a que mais se destaca. Ela possui formato alongado e desperta a curiosidade pela extensa vida marinha com diversas espécies e pela transparência das águas. Entre as praias Maranduba e Lagoinha também está a Ilha da Ponta, que a apenas 150 metros da costa também se transforma em um ótimo espaço para mergulho, pesca e para todos que gostam de aventura.
Na região norte de Ubatuba está a Ilha dos Prumirim, em frente à praia do mesmo nome. Com 30 hectares e área de cultivo, esta ilha é uma das melhores para passeios de escuna e lanchas que saem da praia, em busca de atividades marinhas. Ainda há pela região outras que incluem a Ilha Comprida, de 29,7 hectares, a Ilha das Palmas, de 15,5 hectares, a Ilha da Maranduba, com 6,2 hectares, a Ilha das Cabras, com área aproximada de 35 mil m², a particular Ilha dos Porcos e quase mais 18 delas. Veja mais informações sobre hotéis e pousadas em Ubatuba em http://www.roteirodeturismo.com.br/hoteis-e-pousadas/sao-paulo/ubatuba/